Di tahun 1999-2000, ada keinginan sejumlah pemuda-pemuda, ustadz-ustadz dan tokoh-tokoh masyarakat dari Sedayulawas, Lamongan yg ingin mendirikan sebuah pondok pesantren. Pada saat bersamaan, pemuda-pemuda, dan sebagian ustadz- ustadz dari Solokuro, Lamongan yang juga mempunyai keinginan yang sama.

Untuk itulah didirikanlah Yayasan Pendidikan Islam dan Tahfizhul Qur’an Al Ikhlash tanggal 20 Maret 2000 (yang tercatat di Pengadilan Negeri Lamongan no 14/2000/21.3.2000) sebagai Badan Hukum untuk mendirikan Pondok Pesantren, yang beralamatkan di Jl. Panglima Sudirman Sedayulawas, Brondong, Lamongan.

Setelah berbadan hukum, maka Tim Perintis Pendirian  Yayasan  Al  Ikhlash  (TPPYIS)  terus bekerja keras untuk mewujudkan pendirian Pondok Pesantren Al Ikhlash tersebut. Setelah beberapa kali musyawarah dan beberapa kali mencari lokasi, akhirnya dicapailah kesepakatan untuk membuat Pondok Pesantren di Desa Sedayulawas, Kecamatan Brondong, Kabupaten Lamongan.

Dari beberapa usulan nama, disepakatilah nama AL IKHLASH sebagai nama Pondok. Nama Al Ikhlash dipilih dengan harapan semua pendiri, pengasuh, donatur, simpatisan, orang tua, santri, para guru, dan semua yang terlibat agar meniatkan niatnya ikhlas untuk mencari ridho Allah. Swt.. Maka diberi nama Pondok Pesantren Al Ikhlash.

Pada awal pendiriannya, pada tahun 2000, Pondok Pesantren Al-Ikhlash Sedayulawas memiliki tanah hasil pembebasan seluas kira-kira 4.300 m2 seharga Rp 50.000.000.- dimana dana pembebasannya diperoleh dari kaum muslimin dari berbagai daerah, Pondok juga didirikan di tanah wakaf dari Bapak Mutasam dan Ibu Asrikah seluas kira-kira 1.443 m2, dan tanah wakaf dari Ibu Aminah Ghozali seluas kira-kira 2 hektar.

Pembangunan fisik Pondok Pesantren Al- Ikhlash dimulai pada tanggal 28 April 2001. yang berupa 4 lokal permanen untuk kelas, 8 kamar mandi, dan 3 lokal perumahan guru. Saat itu, Ustadz Azhari Dipokusumo beserta istrinya Ustazah Rofiatus Solihah, dan Ustadz Mukhlas Arifin beserta istrinya Ustazah Qistintoniyah, merupakan guru pertama pondok, dibantu ustazah Heni Muflihah Sari, ustazah Imroatul Masykuroh dan ustazah Nurwitasari, juga Ustaz Seno Abu Khoir dan istrinya ustazah Lilik Alfiyah, serta Ust Habib Abdullah Syukri berserta Usth Mukarromah istrinya.

Pada hari Ahad, Tanggal 23 Rabiul Akhir 1422 H/ 15 Juli 2001 M, bersamaan dengan Khutbah Ta’aruf dan Tabligh Akbar, dimulailah pembukaan Pondok Pesantren Al-Ikhlas yang berarti mulai saat itulah Pondok Pesantren Al-Ikhlash memulai pelajaran baru, dengan membuka tiga angkatan (tiga kelas), yaitu kelas I’dad (persiapan) yang terdiri dari 17 anak, kelas 1 Kuliyatul Mu’alimat (setingkat 1 SLTA) terdiri dari 3 anak, kelas 2 Kuliyatul mualimat (setingkat 2 SLTA) terdiri dari dua santri.

Untuk memperkuat Pondok Pesantren Al Ikhlash, maka dilakukan pembaruan Yayasan menjadi Yayasan Al Ikhlash Sedayulawas pada tanggal 27 Nopember 2001, dihadapan Akte Notaris Tatas Widjajadi SH yang dihadiri oleh para saksi pendiri Pondok, yaitu Bapak Nu’man Arif, Bp. Azhari Dipokusumo, dan Bp. Masyhudi Supriyo Islam, sehingga terbitlah Akte Notaris Yayasan pada tanggal 30 Nopember 2001 di Pengadilan Negeri Lamongan, No 59/2001/PN Lamongan. Kemudian diperbarui dengan Akte Notaris Yayasan Al-Ikhlash Sedayulawas Nomer 01/09-07-2012, dan Surat Keputusan Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia No: AHU-7879. AH. 01.04.Tahun 2012 tanggal 07-12-2012.

Pada awalnya Tahun 2001 hanya mendirikan Pondok Putri di Sedayulawas. Mulai tahun 2017 didirikanlah Pondok Putra yang bertempat di Blimbing, Paciran, dan tahun 2020 pindah ke Mencorek, Sendangharjo, Brondong, Lamongan.